Q:从质粒上酶切的产物可直接连接 Topo 载体吗?为什么?
A:Topo 载体进行连接反应的时候需要 5`羟基端和 Topo 酶发生反应。PCR 产物 5`羟基端没有磷酸化, 可以直接进行 TOPO 克隆。但是,酶切产物 5`端为磷酸化状态,可以直接进行 TA 克隆的,但是不能进行 Topo 克隆。如果需要,可以用牛小肠碱性磷酸酶(CIP)进行去磷酸化处理后连接 Topo 载体。
Q:连接反应体系和反应时间以及温度对连接效率的影响大吗?
A:建议反应体系应控制在 10μl 内,体系太小连接会受到影响。如果目的基因浓度太低,建议浓缩之后再连接,以提高连接成功率。插入片段使用量参考说明书。一般 1-2min 即可完成连接反应,若想得到更多克隆,可适当延长至 5min,但不能超过 5min。室温反应即可。
Q:如何选择合适的载体?
A:若 PCR 产物为 Taq 酶扩增则选择 TOPO-TA 克隆载体系列,若 PCR 产物为高保真酶扩增则选择 Blunt 载体系列,Simple 载体不含多克隆位点区,可根据需求在 PCR 扩增时添加自己需要的酶切位点。
Q:若是储存了很久的 PCR 产物还能用来做克隆吗?
A:建议采用新鲜的 PCR 产物会使连接效率更高一些,若是-20℃保存的一周内还可以使用。请避免
PCR 产物的反复冻融和降解。
Q:PCR 扩增产物需要纯化吗?
A:先对 PCR 产物跑胶鉴定,若是 PCR 产物电泳条带单一、浓度较高且无引物二聚体可直接进行连接反应。若是有杂带或引物二聚体建议纯化之后再进行连接反应。