Q:OnePot 建库试剂盒具体针对哪种样本建库效果比较好?
A:OnePot DNA 建库试剂盒针对基因组 DNA 和 cDNA 均可获得高产高质的文库。
Q:OnePot DNA 建库试剂盒是一管完成建库,具体哪几步是一起完成?
A:OnePot DNA 建库试剂盒将片段化,末端修复/A 尾添加,接头连接三步一管完成。整个流程仅需2.5-3h,简单高效。
Q:片段化模块酶是内切酶还是外切酶?单酶还是混合酶?初始投入量范围是多少呢?
A:内切酶,单酶。初始投入量范围 500pg-100 ng,经过 42℃-15min, 可将 DNA 酶切为 150-550 bp 的长度。
Q:OnePot 建库试剂盒与 Tn5 和 MaxUP II 有什么不同,如何进行推广?
A:OnePot 优势在于引入高质量片段化酶,摆脱复杂的片段化过程,具有稳定的片段化效果。同时搭配强扩增效率的高保真酶,极大提升文库转化效率与扩增效率。且针对不同GC 含量的样本,均可获得优异的测序结果,文库覆盖高,均一性好,偏好性低,使建库变得更加简单;Tn5 优势在于快速, 缺点在于 input DNA 范围太小,应用范围狭窄,且片段化过程中存在碱基偏好性;MaxUpⅡ试剂盒胜在全能。如果针对 cfDNA 等特殊样本建库,只能推荐 MaxUpⅡ。如果是要基因组建库,肯定更愿意用 OnePot 建库,因为可以省去仪器、打断管等额外成本。如果目的是想快速建库,推荐Tn5。
Q:碱基质量分析图如何分析?
A:知识科普:碱基分布图是对每个位置上的 A,C,G,T 的含量进行统计。理论上来说 DNA 双链中碱基含量是 A=T,G=C,A+C=G+T,如果是一个比较完美的碱基含量分布图,应该是所有位点上的每条线应该平等且接近的。但是不同物种的 GC 含量有所差异,所以通常 A/T 与 G/C 碱基含量曲线通常并不是很接近。如果当部分位置上的碱基比例出现 bias 时,各个碱基含量也会出现差异。
Q:测序数据如何分析A:概念解释:
Reads:二代测序仪器产生的短序列片段。
Mapped reads:匹配到基因组的 reads 数与total reads 数的比例。
Coverage:基因组覆盖度:测序获得的序列占整个基因组的比例。由于基因组中的高 GC、重复序列等复杂结构的存在,测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域,这部分没有获得的区域就称为 Gap。例如一个细菌基因组测序,覆盖度是 99.64%,那么还有 0.36%的序列区域是没有通过测序获得的。
Depth:测序深度是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。假设一个基因大小为 1M,测序深度为 10X,那么获得的总数据量为 10M。
Q:Q20/Q30:二代测序中,每测一个碱基会给出一个相应的质量值,这个质量值是衡量测序准确度的。行业中 Q20 与 Q30 则表示质量值≧20 或 30 的碱基所占百分比。质量值(Q)越高代表碱基被测错的概率(P)越小,其计算公式为 Q= -10lgP,所以 P=10^(Q/(-10))