MitoTracker^® Green FM是一种细胞渗透型的carbocyanine结构衍生物，包含标记线粒体的弱巯基反应性的氯甲基官能团。本品是一种亮绿色荧光探针（（Ex=490 nm，Em=523 nm）），其在水溶液中几乎不发荧光，只有当聚集在线粒体的脂质环境才能发荧光，背景荧光几乎可忽略。使得操作步骤极其简单，只需用探针孵育细胞，即可被动运输穿过细胞膜并直接聚集在活性线粒体上，可不经过清洗直接观察。

与MitoTracker^® Red CMXRos不同的是本品定位于线粒体的能力不受线粒体膜电位影响，使其可能作为定量线粒体质量的一种工具。本品经乙醛固定后染料不稳定，因此更适合活细胞染色。

虽然传统的线粒体荧光探针如TMR和罗丹明123，也能很容易的聚集在功能线粒体上，但是一旦线粒体膜电位丧失即会被洗掉，从而在一些需要细胞进行醛类固定或者包含线粒体能量状态影响因子的实验中，使其应用大受限制。