Q: 酶法加帽中先升温再降温的目的是什么?在放大生产时好像很难做到先升温再降温。
A: 先升温是为了把RNA二级结构打开,让RNA处于单链状态。如果不进行这步操作的话,会影响加帽的效率。这部分目前的确是工艺生产上的难点。现在有的公司直接在模板序列确定时会对RNA的二级结构作预测,加帽酶只识别mRNA前几个核苷酸,如果确定这部分结构不会产生RNA的二级结构的话,可以不进行加热。
Q: 帽类似物加帽和酶法加帽如何选择?
A: 工业上酶法加帽最常使用的是牛痘病毒加帽酶处理IVT产物可以将其修饰成Cap 0 mRNA,Cap 0结构可以在二氧甲基转移酶(2'O-methyltransferase)的作用下进一步修饰成Cap 1(m7GpppmN)。利用酶法加帽,加帽效率可以达到95%以上。共转录加帽法操作简便,但由于GTP会竞争帽状二聚体,因此该方法加帽率低一些;两种方式各有优缺点。
Q: 加帽优化的方式有哪些?
A: 通过增加VCE的量例如100ul体系加入10ul即100U的酶活,主要是增强VCE的甲基转移酶活性,也可以通过增加SAM(0.5mmol)增强鸟苷转移活性,增加加帽率。例如我们的新款单链加帽酶,它的加帽率显著提升,就是鸟苷转移活性比传统的更好,对于传统VCE,小亚基D12容易沉淀形成聚合物,纯化时容易损失,所以成本更贵,批次不能控制。
Q: 对于一些没有加上帽子的mRNA,会对后续实验比如说做生物制剂等有什么影响?
A: 目前行业对这一块的没有做针对性的去除,行业里面主要是看加帽效率的多少,目前做的比较好的加帽率在80%以上,当然肯定是越高越好了。这个还没有一个绝对的标准。
对于合成之后的mRNA,可以用纯化的方式处理,比如康*的一步膜包,极大的减少了纯化工艺,传统用Oligo d(T)的柱子做纯化,效果好可以回收率70-80%;效果差40-50%,也可以多加一步疏水柱在oligo dT后。
Q: 共转录加帽和两步法加帽对于模板的起始位点的要求?
A: 共转录要求对于模板的起始位点要求必须是 AGG* 开头
两步法对于位点无要求,但我司目前产品对于AGGG起始位点的产量最高,主要是T7酶的偏好性导致。