1.如何根据不同的仪器型号,选用适当的荧光定量试剂呢?
见翌圣生物翌圣生物染料法荧光定量PCR Mix选购表,点击此处查看详情,帮您选择适当的试剂。
2. 试剂用之前如何混匀?
针对分子酶试剂,上下颠倒混匀后,轻微离心即可。不建议剧烈震荡混匀。
3.黄色稀释液怎么用?可以选择不用么?
见说明书,最终需要保证和模板混合后在1×即可。例如20μL cDNA原液,加无菌超纯水180μL稀释10倍,得到200μL稀释模板,取90μL稀释模板,加入10μL 10×Dilution Buffer,混匀后使用即可。可以选择不用,不影响。
4.cDNA模板需要稀释么?该稀释多少倍呢?
可以选择使用cDNA原液或者进行稀释。保证自己想要的基因Ct值落在15-30之间即可。通常cDNA每稀释10倍,Ct值增大3.3。
5.反应体系配制好了,但是排不上机,怎么办?
避光放置,反应体系不能敞口放置,这两项是必要项。可以放在4℃冰箱或者常温中24小时,用之前轻微震荡+离心上机,上机前仔细检查下管子/板子有没有被弄脏。
6.引物设计怎么做?
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参考项
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标准参考
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产物长度
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80-300bp
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引物长度
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17-25 base
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GC含量
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40-60%(45-55%为最佳)
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Tm值
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上游引物F和下游引物R的Tm值不能相差太大,最好不超过1℃。
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引物序列
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A、T、C、G整体分布尽量均匀。避开T/C或A/G的连续结构。
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3末端序列
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避免GC rich或AT rich。3端碱基最好为G或C,尽量避免末端碱基为T。
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互补序列
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避开引物内部或两条引物之间有3个碱基以上的互补序列。
两条引物间的3末端避开有2个碱基以上的互补序列。
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特异性
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使用BLAST检索确认引物的特异性。
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引物设计时最好跨内含子设计,设计方式参考【过瘾!一文搞懂qPCR引物设计,实验达人必备技能!】,也可以选用验证过的引物,选用方式参考【去哪里找现成的qPCR引物序列?】
7.仪器上数据报告BadRox错误,怎么办?
可能的原因如下:
①仪器长时间没有校准或仪器老化。通常仪器需要每年校准一次,需要请仪器工程师进行校准或替换老化零部件。
②使用了10μL反应体系,正常使用体系是20μL体系,折半使用会导致Rox总浓度过低,发生BadRox的概率上升,建议使用20μL体系进行实验。
8.该产品的qPCR产物能不能跑凝胶电泳?
qPCR产物的特异性通常可以通过熔解程序进行判断。若仍需要通过凝胶电泳的形式判断产物,该产品的qPCR可以进行电泳,电泳需要Loading Buffer,产物不可直接上样电泳。
9.扩增结束后,未出现扩增曲线?
①确认程序中信号采集是否打开。若采用两步法,需将信号采集设置在退火延伸阶段。

②产物长度是否太长。若产物长度设置为500bp及以上,则可能会出现此类情况。建议将在引物设计时,将产物控制在80-300bp之间。
③引物是否不适合。若引物设计不适合,则需要重新设计引物。若引物设计正确但疑似降解,可用PAGE电泳检测引物完整性。
④模板降解:重新制备模板,重复实验。
10.NTC出现CT值,怎么办?
通过观察熔解曲线进行判断分析。
①熔解曲线显示,NTC与对应基因熔解峰形不重叠且NTC的TM值较对应基因的TM值小。该情况下,NTC对应的产物是引物二聚体。若对应基因的熔解曲线峰形都是单一峰,则相关基因信号采集不影响。
②熔解曲线显示,NTC与对应基因熔解峰形重叠。该情况下,NTC对应的产物大概率是对应基因产物。体系受到污染,逐一排查水/引物/试剂是否受到污染,若以上均未受到污染,则可能是气溶胶污染。针对已得到的扩增数据,通过计算NTC与对应基因CT值差值来判断,ΔCT值≥5,表明污染对体系影响小,可忽略。
11.NRT出现CT值,怎们办?
表明存在基因组DNA污染。建议使用去除基因组的RNA提取试剂盒进行RNA提取或反转录时加入去基因组步骤。或者引物在设计时采用跨内含子设计。
12.复孔间重复性差怎么办?
①CT<30,但是重复性很差怎么办?
- 提升加样准确度。避免小体积加样,减少加样误差,可通过配制大体系的方式保证,例如将引物、水、qPCR Mix混合成大体系或者采用引物和水混合成大体系的方式。大体系需要混合均匀。
- 提升移液器吸取的准确度。移液器通常需要定期校准,一年一校准。
②CT≥30,但是重复性很差怎么办?
此时由于有效模板丰度较低,模板和引物之间碰撞的随机性增大,从而导致复孔间差异变大。可尝试增加2-3个复孔,后续剔除差异大的数据进行数据分析。
13.熔解曲线出现杂峰怎么办?
①熔解曲线杂峰出现在主峰左侧。可能是引物二聚体导致的这类情况,可尝试提高退火温度、降低引物浓度或重新设计引物解决。
②熔解曲线杂峰出现在主峰右侧。
a.是可能由于引物特异性差导致的非特异扩增。需要重新设计引物。
b.是可能由于模板基因组DNA污染。需要建议使用去除基因组的RNA提取试剂盒进行RNA提取或反转录时加入去基因组步骤等方式重新制备cDNA模板。