Q：投入多少细胞量合适？

A：兼容100-100000个细胞或细胞核，最佳投入量为5w个细胞或细胞核。

Q：ATAC文库产量低的原因？

A：1. 细胞核投入量少或实验过程中细胞核部分丢失。细胞核离心后弃去上清液时容易造成丢失，在离心时，统一EP管方向并标记细胞沉积位置，弃上清时避免碰到沉淀，在实验操作过程中避免剧烈涡旋振荡；2. 转座酶切割不充分，这种原因有很多，首选需要确认细胞核的纯度，如果杂质较多，可能影响转座酶的效果，提取细胞核时尽量多清洗几遍，以获得纯净的细胞核。

Q：TSS富集程度不好是什么原因？如何增加？

A：TSS富集效果不好通常是由于实验样本细胞活性不好或游离DNA较多。可对细胞或细胞核进行镜检确认细胞或细胞核完整性。

2、ATAC文库中的线粒体reads较多，如何减少？

A：通常是由于细胞核提取过程中，细胞漂洗时未能吸出所有的上清液(其中包含mtDNA)。应吸尽上清，同时注意不要影响到细胞核完整性。或者可以多清洗几遍，提升细胞核的纯度。